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mNGS病原微生物檢測解決方案


病原微生物可以侵犯人體,引起感染病或傳染病,一直備受臨床關注。新型冠狀病毒肺炎全球大流行,給世界經濟和人類健康帶來嚴峻挑戰(zhàn),更讓病原的精準快速檢測成為社會迫切的需求。

 宏 基 因 組 測 序 (metagenomics next?generation sequencing,mNGS)是基于高通量測序技術對各種臨床樣本中的全部生物基因組進行測序的實驗室診斷技術,與其它常見微生物鑒定方法相比具有通量大、可同時檢測上萬種微生物等優(yōu)勢,近年來已逐漸應用于各種感染性疾病的診斷,對不明原因的危急重感染的病原學診斷以及新發(fā)突發(fā)傳染病的病原體發(fā)現(xiàn)發(fā)揮了重要作用。

 病原微生物宏基因組基于底層測序技術的高通量優(yōu)勢,可一次性檢測出樣本中所有種類病原微生物測序數(shù)據(jù),通過專門的病原數(shù)據(jù)庫比對,獲得疑似致病微生物的種屬信息,為疑難危重感染提供快速精準診斷依據(jù)。


mNGS檢測優(yōu)勢


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為滿足臨床病原微生物的檢測,進一步為疑難危重感染提供快速精準的診斷依據(jù),全式金推出樣本保存、宿主DNA去除、微生物核酸提取及DNA文庫構建相關產品,提供宏基因組文庫制備的上下游整體解決方案。


樣本保存

TransGuard? Disposable Virus Sampling Tube

? 滅活病毒,有效防止運輸和檢測過程中出現(xiàn)二次污染。

? 保存穩(wěn)定,常溫下保存一周病毒核酸不降解。

? 常溫下運輸和保存,無需冷鏈。

? 檢出率高,可兼容多種病毒核酸提取試劑。

? 操作簡便,無需經過專業(yè)培訓,可自行采樣。

TransGuard? Fecal DNA Sampling Tube

? 安全滅活,有效防止運輸和檢測過程中的二次污染。

? 保存穩(wěn)定,常溫下保存 3 個月樣本核酸不降解。

? 常溫下運輸和保存,無需冷鏈。

? 操作簡便,無需經過專業(yè)培訓,可自行采樣。

TransGuard? Buccal Swab DNA Preservation Buffer

? 安全滅活,有效防止運輸和檢測過程中出現(xiàn)二次污染。

? 保存穩(wěn)定,常溫下保存 6 個月樣本核酸不降解。

? 常溫下運輸和保存,無需冷鏈。

? 操作簡便,無需經過專業(yè)培訓,可自行采樣。



宿主核酸去除

TransNGS? Host DNA Depletion Kit

本產品適用于從血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、腦脊液、羊水等生物樣品中差異性裂解人源細胞,并去除人源核酸。

產品特點:

? 簡便省時:操作簡便,50 min完成人源宿主核酸去除。

? 高效去除:專用裂解液,高效去除人源宿主核酸,提高微生物檢出率。

? 兼容多種提取平臺:可兼容柱提法及磁珠法等多種下游提取方式。

? 適用樣本范圍廣:適用于血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、腦脊液、羊水等多種生物液體樣本。


高效去除宿主核酸


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分別使用TransGen 、Company V和Company Q同類產品處理不同樣本,搭配各自適配的柱提法病原微生物核酸提取產品提取核酸,并對宿主保守基因進行qPCR定量檢測。結果表明: TransGen 產品可以有效清除宿主核酸,且清除效率顯著優(yōu)于 Company V 和 Company Q 同類產品。



適用于建庫分析,提高微生物檢出水平


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分別以咽拭子、痰液、腹水和胸水去除宿主核酸后提取的產物為樣本,進行文庫構建及 PE150 測序分析。結果顯示,TransGen 產品可以顯著降低宿主序列占比。


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以 TransGen 、Company V 和 Company Q 產品去除咽拭子宿主核酸前、后提取的產物為樣本,進行文庫構建及 PE150 測序分析。結果顯示,TransGen 產品可以顯著提高微生物檢出水平。


核酸提取

 

EasyPure? Microbiome DNA Isolation Kit

本產品采用硅膠膜離心柱特異吸附微生物DNA,分離富集的DNA適用于多種下游應用,包括PCR、qPCR、宏基因組或16S rDNA文庫構建等實驗。

產品特點:

? 高質量、高得率滿足多種下游檢測需求。

? 嚴控試劑背景菌污染,降低假陽性風險。

? 提取效果好,高、低濃度模板均能獲得高效提取。

? 適用于從適用于從血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、腦脊液、羊水等樣本中提取微生物DNA。


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將高、低兩種起始量的不同病原菌稀釋液添加至咽拭子、痰液、胸水、腹水樣本中,分別使用TransGen 、Company V 和 Company Q 產品提取核酸,qPCR 檢測提取效果。結果表明:TransGen 產品對不同樣本中不同微生物的提取效率均優(yōu)于競品。



MagicPure? 32 Microbiome DNA Isolation Kit

本產品利用硅基磁珠特異性吸附微生物DNA,獲得的DNA適用于多種下游應用,包括PCR、qPCR、? 宏基因組或16S rDNA文庫構建等實驗。

產品特點:

? 高通量提取,操作簡便,速度快。

? 高質量、更高得率滿足多種下游多種檢測需求。

? 更低的試劑背景降低假陽性風險。

? 適用于32通道磁棒式自動化核酸提取儀。

? 適用于從血液、肺泡灌洗液、液化痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、腦脊液、羊水等樣本中提取微生物DNA。


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將高、低兩種起始量的不同菌種稀釋液添加至咽拭子、痰液、胸水、腹水樣本中,使用 TransGen 柱提法和磁珠法產品提取核酸,qPCR 檢測提取效果。結果表明,TransGen 磁珠法與柱提法產品均可對高、低起始量樣本進行高效提取。



文庫構建

 

TransNGS? Microbiome DNA Library Prep Kit for Illumina?

針對Illumina高通量測序平臺開發(fā)的,適用于1 ng從血液、肺泡灌洗液、痰液、鼻咽或口咽拭子、胸腹水、腦脊液、羊水等生物樣品中獲取的微生物基因組DNA進行文庫制備的試劑盒。

產品特點:

?  建庫用量低:僅需1 ng DNA即可建庫。

?  適用樣本廣泛:血液、痰液、鼻咽或口咽拭子等多種來源的樣本DNA均可達到較好的建庫效果。

?  建庫時間短:90 min即可完成文庫構建。

?  無偏好性:建庫測序結果與預期一致。


宏基因組建庫原理圖


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多樣本建庫峰型


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使用 TransGen 和 Company V 產品分別以 1 ng 口咽拭子、痰液和血液的基因組為樣本進行文庫構建。


臨床模擬樣本建庫


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